氣相色譜儀的注射器是精密儀器，應小心使用。使用前后請仔細清洗注射器。清潔針管的小孔，玻璃注射器和小心地安裝針桿并不是簡單的事情，但是必須延長氣相色譜儀注射器的使用壽命，如果氣相色譜儀注射器立即清洗后將更加有效和容易。使用。當針頭堵塞或注射器被污染時，不得再次使用注射器。
　　簡單的清潔程序包括通過氣相色譜儀注射器泵送表面活性洗滌劑溶液，通過注射器，然后使用蒸餾水，后用有機溶劑如丙酮或其他酮清潔注射器和針頭。切勿用手指觸摸針頭表面。手指的汗液或污垢會導致針頭粘在玻璃管上而不會移動。
　　低氣體純度對氣相色譜儀的影響：
　　1、氣相色譜儀各類過濾器加速失效；;
　　2、調節閥（調節閥，穩流閥，針閥）受到污染，空氣阻力受阻，氣相色譜儀調節精度降低或發生故障;
　　3、氣路系統受到污染。如果氣相色譜儀要在高靈敏度下操作，有時可能需要長時間清洗（可能超過一周）。