為了成功的操作小鼠ELISA試劑盒，需要在確立穩健的多色配色方案，確定正確對照和進行重復性好的分析上花費大量的時間和精力。除了資源共享實驗室和核心設備花費大量的時間在儀器質量控制上，研究人員也會把質量控制結合進他們的實驗中。質量控制管能實現確保實驗之間的PMT電壓一致，能確保實驗正確進行并且能確保設門策略具有說服力。
洗板時容易造成誤差：因為洗板是人工洗的，所以判斷什么時候洗干凈了也是人為判斷的，這個時候帶有主觀色彩，所以多清洗幾次，還有就是在洗的時候孔與孔之間的液體容易交叉流動；
小鼠ELISA試劑盒的顯色問題：使用了過期的顯色劑或者是顯色劑用過后放置時間太長，都有可能造成顯色劑不顯色。所以在進行顯色反應的時候，要先查看顯色劑本身的情況；
試劑的選擇：選擇優良試劑大家都是知道的，但是在檢測之前還應該提前半個小時將試劑拿到常溫下進行解凍；
加樣中可能遇到的問題：在做血清或是血漿用于檢測試劑的時候，會碰到血清血漿不好分離的情況，這個時候的解決辦法是先放在常溫中1到2小時，然后在進行離心處理；
讀板：讀板的時候首先應該保證板的清潔干凈；
終止反應：在加終止劑的時候由于傾倒速度快，差生氣泡，造成假陽性結果。所以在倒終止劑的時候要緩慢倒；
一般待測抗原標準曲線的線性范圍的可通過將標準品做8次2倍系列稀釋從2000pg/ml到15pg/ml。可利用標準的ELISA操作流程、放大試劑盒、第三類試劑、或改變酶底物系統可在一定范圍內提高靈敏度。
根據檢測標本數量確定所需試劑的量；
按說明書將所用試劑平衡至室溫，配制所需試劑；
準備好所有實驗額外所需物品，如試管、吸頭、移液器、離心機等；
標本制備要規范，每份標本體積要按2-3個復孔以上的量制備，盡量分裝做備份。短期內無法實驗者，注意低溫保存。