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倒置熒光顯微鏡是利用一個高發光效率的點光源，經過濾色系統發出一定波長的光（如紫外光365nm或紫藍光420nm）作為激發光，激發檢測標本內的熒光物質發射出各種不同顏色的熒光后，通過物鏡和目鏡系統的放大以觀察標本的熒光圖像的光學顯微鏡，是檢驗的重要儀器之一。
除了具有光學顯微鏡的基本結構和光學放大作用外，基于熒光的特性，倒置熒光顯微鏡還具備以下*的功能要求:
(1)提供足夠能量的能激發出熒光的光源。
(2)有著適應不同物質所需的激發光譜一組濾色片，從光源中選擇合適的激發光譜，使析出的光譜與該物質的吸收光譜重合，以期望獲得大的熒光。
(3)為獲得較弱的熒光圖像，還要建立一套截止濾色片，它使所需觀察的熒光進入系統成像，而將其余的光波，包括發射光阻擋在外，用來提高圖像的襯度。
(4)放大的光學系統應適應熒光的特性，終獲得既能觀察又能攝影的高亮度、高分辨力的良好襯度 的熒光圖像。
(5)儀器的安全性。應用汞燈要防止紫外線的泄漏和汞燈的爆炸，保證電器安全。
倒置熒光顯微鏡操作時需要注意的事項：
1.顯微鏡放置處備有除濕機降低濕度，防止鏡片受潮發霉。
2.如培養液不慎滴落于物鏡上，須盡快以拭鏡紙沾純酒精輕輕擦拭干凈。
3.正確記錄熒光燈泡開啟/關閉時間，熒光燈源開關后需等15-20分鐘才能再開啟。
4.熒光燈泡于使用200-250小時內更換。
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