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毛細管電泳系統的基本結構包括 進樣系統、兩個緩沖液槽、高壓電源、檢測器、控制系統和數據處理系統。
毛細管電泳儀的主要部件和其性能要求如下。
（1）毛細管用彈性石英毛細管，內徑50μm和75μm兩種使用較多（毛細管電色譜有時用內徑再大些的毛細管）。細內徑分離效果好，且焦耳熱小，允許施加較高電壓，但若采用柱上檢測因光程較短檢測限比較粗內徑管要差。毛細管長度稱為總長度，根據分離度的要求，可選用20～100cm長度，進樣端至檢測器間的長度稱為有效長度。毛細管常盤放在管架上控制在一定溫度下操作，以控制焦耳熱，操作緩沖液的黏度和電導度，對測定的重復性很重要。
（2）直流高壓電源采用0～30kV（或相近）可調節直流電源，可供應約300μA電流，具有穩壓和穩流兩種方式可供選擇。
（3）電極和電極槽兩個電極槽里放入操作緩沖液，分別插入毛細管的進口端與出口端以及鉑電極，鉑電極接至直流高壓電源，正負極可切換。多種型號的儀器將樣品瓶同時用做電極槽。
（4）沖洗進樣系統每次進樣之前毛細管要用不同溶液沖洗，選用自動沖洗進樣儀器較為方便。進樣方法有壓力（加壓）進樣、負壓（減壓）進樣、虹吸進樣和電動（電遷移）進樣等。進樣時通過控制壓力或電壓及時間來控制進樣量。
（5）檢測系統紫外-可見光分光檢測、激光誘導熒光檢測、電化學檢測和質譜檢測均可用作毛細管電泳的檢測器。其中以紫外-可見光分光光度檢測器應用廣，包括單波長、程序波長和二極管陣列檢測器。將毛細管接近出口端的外層聚合物剝去約2mm一段，使石英管壁裸露，毛細管兩側各放置一個石英聚光球，使光源聚焦在毛細管上，透過毛細管到達光電池。對無光吸收（或熒光）的溶質的檢測，還可采用間接測定法，即在操作緩沖液中加入對光有吸收（或熒光）的添加劑，在溶質到達檢測窗口時出現反方向的峰值。
（6）數據處理系統與一般色譜數據處理系統基本相同。
毛細管電泳儀的主要部件和其性能要求如下。
（1）毛細管用彈性石英毛細管，內徑50μm和75μm兩種使用較多（毛細管電色譜有時用內徑再大些的毛細管）。細內徑分離效果好，且焦耳熱小，允許施加較高電壓，但若采用柱上檢測因光程較短檢測限比較粗內徑管要差。毛細管長度稱為總長度，根據分離度的要求，可選用20～100cm長度，進樣端至檢測器間的長度稱為有效長度。毛細管常盤放在管架上控制在一定溫度下操作，以控制焦耳熱，操作緩沖液的黏度和電導度，對測定的重復性很重要。
（2）直流高壓電源采用0～30kV（或相近）可調節直流電源，可供應約300μA電流，具有穩壓和穩流兩種方式可供選擇。
（3）電極和電極槽兩個電極槽里放入操作緩沖液，分別插入毛細管的進口端與出口端以及鉑電極，鉑電極接至直流高壓電源，正負極可切換。多種型號的儀器將樣品瓶同時用做電極槽。
（4）沖洗進樣系統每次進樣之前毛細管要用不同溶液沖洗，選用自動沖洗進樣儀器較為方便。進樣方法有壓力（加壓）進樣、負壓（減壓）進樣、虹吸進樣和電動（電遷移）進樣等。進樣時通過控制壓力或電壓及時間來控制進樣量。
（5）檢測系統紫外-可見光分光檢測、激光誘導熒光檢測、電化學檢測和質譜檢測均可用作毛細管電泳的檢測器。其中以紫外-可見光分光光度檢測器應用廣，包括單波長、程序波長和二極管陣列檢測器。將毛細管接近出口端的外層聚合物剝去約2mm一段，使石英管壁裸露，毛細管兩側各放置一個石英聚光球，使光源聚焦在毛細管上，透過毛細管到達光電池。對無光吸收（或熒光）的溶質的檢測，還可采用間接測定法，即在操作緩沖液中加入對光有吸收（或熒光）的添加劑，在溶質到達檢測窗口時出現反方向的峰值。
（6）數據處理系統與一般色譜數據處理系統基本相同。
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