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緩沖液可以提供離子平衡的反離子，并使流動相保持一定的離子強度和pH值，減少拖尾。但是使用緩沖液要注意幾點：
1、避免使用鹽酸鹽，鹽酸鹽對鋼制有腐蝕作用；
2、緩沖液要現配現用，往往緩沖液是良好的菌類培養液，隔天或放置長時間實驗時會有很多怪現象發生；
3、實驗后不可用有機溶劑直接過渡，有機溶劑會使鹽類析出，造成液路或色譜柱堵塞，可用95:5的水甲醇沖洗；
4、使用緩沖液要及時掌握pH范圍，做到胸中有數；
5、清洗液路和柱子時，有溫控可加熱到30℃易于沖洗；
6、長時間用緩沖溶液要注意觀察接頭處有無析出，若有白色鹽類析出，可考慮一定周期用10%硝酸沖洗一下液路（拆下柱子，走30ml，再用5倍水沖洗）可以避免液路的堵塞；
7、選擇緩沖液要用可靠的試劑，避免不純的鹽類造成不必要的麻煩。
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