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隨著近年來國家對古文物保護，光學顯微鏡在文物研究上應用越來越廣泛了，目前很多文物保護研究所的科學研究仍然是以光學顯微鏡為主，常規的實驗室一般都配備了體視顯微鏡，金相顯微鏡，偏光顯微鏡，更進一步的實驗室會陪著電子顯微鏡等。
在分析鑒定方面，光學顯微鏡主要以以下幾方面的應用為主：
1，顏色分析，文物的色彩是鑒定工作的出發點，利用光學顯微鏡對古文物顏色的鑒定可以縮小文物研究的范圍，只要選擇好合適的放大倍數，合適的顯微鏡觀察方式，很多晶體即可實現比較好的色彩還原。反映出真實的文物顏色。
2，對于有形狀，實體文物來說，利用體視顯微鏡合適不過了。
3，對于文物的大小測量，主要是利用在顯微鏡上裝載測微尺來實現，也可通過顯微鏡的數碼攝像部分自帶的圖像處理軟件來實現，更加。
4，對于出土文物的紙張，顯微進行鑒定，觀察方式可以分為兩種。一種沿纖維的方向，一種是纖維的橫截面，利用這樣的方式來制樣，可在顯微鏡上實現的觀察。
5，通過顯微鏡對木材進行鑒定，這其中的制作過程可以分為染色，做片等幾個步驟。通過觀察木材的斷面制樣可以確定一些基本的因素。
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