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氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，正常情況新氨基柱保存在正相環(huán)境中，例如LUNA氨基柱保存在正己烷-乙腈(99：1)中。
1、正相使用
新柱子可直接用流動(dòng)相。推薦先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速?zèng)_10倍柱體積，再根據(jù)流動(dòng)相選用極性相近的仿或二氯甲烷以相同的流速?zèng)_10倍柱體積，后換成流動(dòng)相。
1.1正相使用時(shí)，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析;流動(dòng)相要*脫氣，并不得含有羰基化合物和過(guò)氧化物(質(zhì)量不好的yi醚、四呋喃含有少量)。
1.2任何時(shí)候更換流動(dòng)相時(shí)都要確保新流動(dòng)相與柱子原保存液可互溶。
2、反相使用
2.1、先用正己烷-乙腈(99：1)以0.5ml/min的流速?zèng)_10倍柱體積，再依次以相同的流速相同的用量用仿、異丙醇、甲醇、甲醇-水(50：50)沖柱子。
2.2、以0.5ml/min的流速用30倍柱體積的pH11.0的氧化鈉(LUNA)水溶液沖柱子(注意pH值切不可超過(guò)11.0)，立即用水( 0.5ml/min的流速，30倍柱體積)沖洗，再換成流動(dòng)相。
2.3、配制流動(dòng)相時(shí)，應(yīng)各組分分別量取，比例較小的組分要精密量取，需調(diào)pH值時(shí)要精密到0.1。
2.4、反相條件下使用時(shí)，要特別注意控制pH值范圍，pH值越低越有發(fā)生水解的危險(xiǎn)，流動(dòng)相中水的比例越高當(dāng)然也越有發(fā)生水解的危險(xiǎn)。的pH范圍在
2.5、如果要使用的流動(dòng)相中還含有緩沖鹽類，建議在用分析流動(dòng)相之前，先用不含緩沖鹽的同比例流動(dòng)相過(guò)渡，這樣可避免緩沖鹽在分析柱內(nèi)的析出。
2.6、有一種情況是，當(dāng)使用氨基柱進(jìn)行酸性物質(zhì)的分析時(shí)，酸性物質(zhì)的存在意味著質(zhì)子的存在，可能會(huì)使略帶負(fù)電荷的氨基官能團(tuán)質(zhì)子化，導(dǎo)致使用一段時(shí)間后對(duì)于某些類的分析物保留性質(zhì)有所改變或表現(xiàn)在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0%NH3的乙腈-水(50:50)溶液沖洗該柱(沖洗后當(dāng)然要再用不含堿的流動(dòng)相洗去多余氨)，之后再進(jìn)行分析這類酸性分析物時(shí)建議在流動(dòng)相中略微添加少許氨如0.1%。
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