肽的疏水性

氨基酸可以根據(jù)其其側(cè)鏈的性質(zhì)歸類如下：  

非極性氨基酸（疏水性）  小的：Cys、Pro、Ala、Thr  大的：Val、Ile、Leu、Met、Phe  中性氨基酸 大的：Trp、Tyr、His  極性氨基酸（親水性）  小的：Ser、Gly、Asp、Asn  大的：Glu、Gln、Lys、Arg  可溶性的問題  許多合成的肽粗品，尤其是那些經(jīng)過幾次沉淀和干燥的，在標(biāo)準(zhǔn)的HPLC溶劑中十分難溶！

原因為：  含有大量的疏水性殘基，它們會象油一樣緊密的擁成一簇，以減少與水的接觸并增大 分子之間的疏水性作用。 

非特異性的聚集：

含有Cys的肽中形成二硫鍵，  二級結(jié)構(gòu)的形成，特別是較長的分子。 活性側(cè)鏈（包括各種類型的氫鍵、鹽橋等）之間的特異性相互作用 肽的溶解 以下幾種操作可以用來溶解肽（二硫鍵是一種共價的相互作用，應(yīng)該盡量還原）： 對于含有芳香或者烴側(cè)鏈的氨基酸（Val、Leu、Ile、Met、Phe、Tyr、Ala），加入DMF至50%溶解；或者加入*少量的DMF，然后用緩沖液稀釋即可。

但應(yīng)當(dāng)注意有機溶劑對于后續(xù)試驗的影響。  如果含有較多的堿性氨基酸，可以用醋酸的水溶液（1-10%）進行溶解。 如果含有酸性的氨基酸，可以用揮發(fā)性的堿性緩沖液（pH可以達(dá)到8）如乙酸乙脂嗎啉或重碳酸鹽等溶解。 如果序列比較長，有可能溶解于鹽溶液。高濃度的離液鹽，如鹽酸胍或脲等可以通過破壞其二級結(jié)構(gòu)而幫助其溶解。 對于中等大小的分子，丙醇可以加速溶解。

少量的TFA可以幫助溶解聚集物 可以加入去垢劑（如SDS）進行處理，但是需要注意的是含有聚醚的去垢劑可能會產(chǎn)生過氧化物從而損害某些肽。可從上海通蔚生物公司訂購非過氧化去污劑。 

多肽的保存：

大多數(shù)多肽可以保存在-20℃，特別是冷凍干燥并保存在干燥器中，能夠在-20℃的條件下保存兩年而沒有問題。在將它們暴露于空氣之前， 冷凍的多肽和容器應(yīng)當(dāng)至少在室溫中放置30min以上時間，然后取用。這將避免多肽樣品吸收潮氣。當(dāng)無法冷凍干燥時，方法是以小的工作樣量存放。

對于含Cys, Met or TrP的多肽，很容易受到空氣中的氧氣和溶解試劑的氧的影響而氧化。因此，避免此類多肽和氧接觸是很重要的。對其溶解時脫氧緩沖溶劑是*的，在封瓶前，慢慢流過多肽的氮氣或氬氣也會降低氧化作用。