有許多植物就是由于未能有效地分離純化其組織中的RNA， 而阻礙了其分子生物學方面研究的進展。這些植物組織中，或富含酚類化合物，或富含多糖，或含有某些尚無法確定的次級代謝產物，或RNase的活性較高。在完整的細胞內這些物質在空間上與核酸是分離的，但當組織被研磨，細胞破碎后，這些物質就會與RNA相互作用。酚類化合物被氧化后會與RNA不可逆地結合，導致RNA活性喪失及在用苯酚抽提時RNA的丟失，或形成不溶性復合物；而多糖會形成難溶的膠狀物，與RNA共沉淀下來；萜類化合物和RNase會分別造成RNA的化學降解和酶解。對于這些植物材料，用常規的RNA提取方法（如胍法、苯酚法和十六烷基*基溴化胺法等）難以提取出其RNA！

縱觀上RNA提取的試劑盒，如常見的TRIzol，以及一些的RNA提取試劑盒均很難從多糖多酚的植物中提取高質量的RNA，酚類物質的含量會隨著植物的生長而增加。因而從幼嫩的植物材料中更容易提取RNA。此外，針葉類植物的針葉中多酚的含量比在落葉植物的葉子中要高得多。在植物材料勻漿時，酚類物質會釋放出來，氧化后使勻漿液變為褐色，并隨氧化程度的增加而加深，這一現象被稱為褐化效應。被氧化的酚類化合物（如醌類）能與RNA穩定地結合，從而影響RNA的分離純化；多糖的污染是提取植物RNA時常遇到的另一個棘手的問題。植物組織中往往富含多糖，而多糖的許多理化性質與RNA很相似，因此很難將它們分開。在去除多糖的同時RNA也被裹攜走了，造成RNA產量的減少；而在沉淀RNA時，也產生多糖的凝膠狀沉淀，這種含有多糖的RNA沉淀難溶于水，或溶解后產生粘稠狀的溶液。由于多糖可以抑制許多酶的活性，因此污染了多糖的RNA樣品無法用于進一步的分子生物學研究。

Trizol主要成份是異硫氰酸胍和苯酚，沒有特殊去除多糖和多酚的試劑，所以對于大多數多糖多酚的植物無法成功提取，即使添加了如2-巰基乙醇、二硫蘇糖醇（DTT）或半胱氨酸之類的防止酚氧化的試劑也很難提取。RNeasy Plant Mini Kit主要裂解液是鹽酸胍或則異硫氰酸胍。