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菌落計數器，是一種數字顯示半自動細菌檢驗儀器。廣泛用于食品、衛生用品、臨床標本中細菌數的檢驗。是各級衛生防疫站、環境檢測站、食品衛生監督檢查所、醫院、及大專院校、科研單位實驗室的*儀器。
菌落總數測定是用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，它反映食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。菌落總數的多少在一定程度上標志著食品衛生質量的優劣。
菌落形成單位叫做CFU。CFU的含義是形成菌落的菌落個數，不等于細菌個數。（比如兩個相同的細菌靠得很近或貼在一起，那么經過培養這兩個細菌將會形成一個菌落，此時就是2個細菌，1CFU）。
菌落總數往往采用的是平板計數法，經過培養后我們數出平板上所生長出的菌落個數，從而計算出每毫升或每克待檢樣品中可以培養出多少個菌落，于是以CFU/ml或CFU/g報告。
食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐變質，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。
但需要強調的是，菌落總數和致病菌有本質區別，菌落總數包括致病菌和有益菌，對人體有損害的主要是其中的致病菌。
這些病菌會破壞腸道里正常的菌落環境，一部分可能在腸道被殺滅，一部分會留在身體里引起腹瀉、損傷肝臟等身體器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。
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