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色譜分離柱長時間使用后，造成柱入口樹脂損失，使死體積增大，分離度降低；長時間未使用的色譜分離柱樹脂床進入空氣會使樹脂產生溝流，造成分離度降低，同時造成離子色譜峰分叉。這些現象均造成定量結果的誤差。因此，離子色譜峰形一旦有變化，就要重新繪制標準曲線。
色譜分離柱是指離子交換色譜中的固定相中的一些帶電荷的基團，這些帶電基團通過靜電相互作用與帶相反電荷的離子結合。如果流動相中存在其他帶相反電荷的離子，按照質量作用定律，這些離子將與結合在固定相上的反離子進行交換。
色譜分離柱是蛋白純化技術中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結合，這種帶電分子與固定相之間的結合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強度的緩沖液洗脫時，離子交換劑上結合的物質可與洗脫液中的離子發生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質的電荷不同，其與離子交換劑的結合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。
色譜分離柱的再生方法有兩種：
（1）先用25ml蒸餾水通過柱子以除去緩沖鹽類，再用25ml甲醇沖洗，以除去由于分配效應而殘存在骨架中的雜質，再用25ml蒸餾水除去不溶于甲醇的殘存鹽類，后用緩沖液平衡。
（2）先用0.1mol/L的檸檬酸洗滌，然后用水洗滌（不要用堿性溶液，以防硅膠基質溶解），后用緩沖液平衡。
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