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菌落計數器廣泛用于食品、衛生用品、臨床標本中細菌數的檢驗。目前該儀器在各級衛生防疫站、環境檢測站、食品衛生監督檢查所、化妝品和藥品檢驗實驗室、醫院、大專院校及科研單位中，已被用于對微生物的菌落計數和計算、抗生素的抗菌性測試和菌種篩選等，是現代微生物檢測實驗室先進和的菌落計數器。
因此,本類儀器的校準方法是必要的。
v 菌落：生長在直徑60 -150mm培養皿的營養瓊脂上；
v 菌落：生長在過濾器圓盤/瓊脂或營養圓盤上；
v 噬菌體斑塊：生長在瓊脂上。
v 底部照明:底部照明可以避免反光，便于培養皿邊緣的照明，易于區分菌落和瓊脂內的氣泡，此外光源保證了菌落觀察的準確性，可以正確識別粘液分泌的菌落和觀察瓊脂和酸反應成微生物時瓊脂內碳酸鈣導致的濁度降低。
v 側面照明:側面照明適合于生長在過濾器圓盤和非透明瓊脂上的菌落觀察。透明的菌落大多是三維的，菌落的色彩重現依靠對比度大的背景來實現，并使色彩區分工作更簡便，LED照明的白光譜將光直接側向照在菌落上，比起熒光燈效果要好得多。
v 頂端照明（可選）:針對菌落與背景對比并不十分明顯和處于較暗的瓊脂中的情況，備有連接到計數儀的LED頂燈進行照明，頂燈裝有靈活的鵝頸管，可照明整個培養皿，針對較小的菌落，,照明效果十分明顯.
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