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傅里葉紅外蛋白分析儀配有著于蛋白質分析的軟件，能快速的比對天然結構和配方蛋白質之間的差異。 這個數據庫包括了50種已知蛋白的二級結構的傅立葉紅外光譜，數據是在嚴格控制的條件下獲得，與結晶的方法測得的結構一致，是zui大商業化的蛋白質紅外數據庫。
傅里葉紅外蛋白分析儀是一種干涉型紅外光譜儀，由光學系統、電子電路、計算機數據處理、接口和顯示系統等部分組成。其光學系統由光源、動鏡、定鏡、分束器、檢測器等幾個主要部分組成。
傅里葉紅外蛋白分析儀的定性分析：
一般采用三種方法：用已知標準物對照、標準譜圖查對法和直接譜圖解析法。
1、已知物對照應由標準品和被檢物在*相同的條件下，分別繪制紅外光譜圖進行對照，譜圖相同則肯定為同一化合物。
2、標準譜圖查對法是一種直接、可靠的方法。在用未知物譜圖查對標準譜圖時，須注意測定所用傅里葉紅外光譜儀與繪制標準譜圖的在分辨率和精度上的差別，可能導致某些峰細微結構的差別;未知物與標準譜圖的測定條件必須一致，否則譜圖會出現很大差別;必須注意引入雜質吸收帶的影響。如KBr壓片可能吸水而引入水吸收帶等。
3、對于未知化合物，可按照如下步驟解析譜圖：先從特征頻率區入手，找出化合物含有的主要官能團;指紋區分析，進一步找出官能團存在的依據;仔細分析指紋區譜帶位置、強度和形狀，確定化合物的可能結構;對照標準譜圖，配合其他鑒定手段，進一步驗證。
傅里葉紅外蛋白分析儀具有分辨率高、擴展性好、性能穩定、操作簡便、使用壽命長、維護成本低等特點，其產品性能及主要技術指標均已達到同類產品先進水平。廣泛應用于醫藥、化工、石油、環保、食品、材料、國防、半導體、光學等領域，是實驗室科研以及企業生產*的分析測試工具。
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