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實驗室建設前應根據該實驗室工作的流程確定儀器擺位，規劃儀器電源及技術規范接口位置。根據儀器數量及擺位確定各區域所需面積，對實驗室進行分割有效利用空間。儀器擺放在方便工作的同時還應考慮地面承重問題，由儀器廠家提供儀器重量數據，咨詢施工方排水系統。該室儀器采購招標在純水處理施工之前已全部完成，各儀器擺位設計精準確，露出地面的電源線、網線、給設計方案極短，安全美觀節省空間。
實驗室給電設計：建議實驗室配備大功率不間斷電源為實驗室全部設備提供保護，各設備分別進行電源保護，不易維護且浪費空間。根據實驗室設備情況，確定不間斷電源功率及電流參數，應注意不間斷電源的選擇應為實驗室發展預留足夠空間，建議負荷功率應在現有儀器總功率兩倍以上。電插根據需要可設計在墻面或地面，地面電插應有一定程度的防水，電插位置應靠近所供電儀器，減少地面走線使實驗室更加整潔。由于不間斷電源散熱、噪音較大，實驗室規劃時在后部設置了獨立供電房并在房間中安裝排水管。
實驗室供實驗室設計：根據所有設備滿負荷運行所需純水水量及等級確定合適制水設備，所選設備吸水泵能力也應預留足夠空間。該室設計中將噪音大的氣泵(為自動化流水線提供氣體壓力)和水處理儀放置在中心實驗室后部獨立的水給排水，純水儀防漏排水直接聯通實驗室管道，并在機房內設置了裝修，方便處理一定程度的泄露。此外，還在實驗室儀器軸線上設置了兩個地底凹槽，給排水管路全部鋪設在地下。
實驗室照度及噪音控制設計：根據枟生物安全實驗室防水機房枠要求BSL‐2實驗室照度不低于300lux，噪聲不超過68dB[6]。實驗室內空調前，向施工方提出了實驗室的照度要求，建成后又進行了照度檢測，機房照度約為285～319lux，核心工作區照度約為375～384lux，基本符合BSL‐2實驗室建設標準。采取施工獨立等措施后實驗室環境噪音明顯減小，尤其是在相對獨立的核心工作區測定分貝數與普通診室基本相同。
實驗室溫度、濕度要求：參考使用說明統計自動化實驗室內各設備溫濕度要求，如無特殊設備，臨床實驗室檢測儀器要求溫度一般在18～30℃，濕度20%～80%，規范系統*達到要求，自動化實驗室溫度可控制在(24±2)℃，濕度30%～45%。
通訊接口問題：實驗室內應預留足夠的電話接口、局域網接口，必要時需有互聯網接口。自動化流水線網絡連線復雜，在安裝前應與廠家工程師仔細商討，確定網絡接口準確位置，安裝完成后梳理連接網線，保持實驗室整潔美觀
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