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熒光光譜儀開始用于醫學成像診斷和X射線結晶學，在分析儀器方面的使用也非常好。這歸結于熒光光譜具有很高的穿透身手，能透過許多對可見光不透明的物質，如墨紙、木材等。這種肉眼看不見的射線可以使很多固體資料發作可見的熒光，使照相底片感光以及空氣電離等效應。那么熒光光譜儀為何有這樣的效果呢？
1、穿透效果。熒光光譜因其波長短，能量大，照在物質上時，僅一部分被物質所吸收，大部分經由原子間隙而透過，表現出很強的穿透才能。X射線穿透物質的才能與X射線光子的能量有關，波長越短，光子的能量越大，穿透力越強。X射線的穿透力也與物質密度有關，使用差別吸收這種性質可以把密度不同的物質區別開來。
2、電離效果。物質受熒光光譜照耀時，可使核外電子脫離原子軌道產生電離。使用電離電荷的多少可測定X射線的照耀量，根據這個原理制成了X射線器。在電離效果下，氣體能夠導電；某些物質可以發作化學反應；在有機體內可以誘發各種生物效應。
3、熒光效果。熒光光譜波長很短不行見，但它照耀到某些化合物如磷、鉑氰化鋇、硫化鋅鎘、鎢酸鈣等時，可使物質發作熒光，熒光的強弱與X射線量成正比。這種效果是X射線使用于透視的根底，使用這種熒光效果可制成熒光屏，用作透視時調查X射線通過人體安排的印象，也可制成增感屏，用作攝影時增強膠片的感光量。
4、熱效果。物質所吸收能大部分被轉變成熱能，使物體溫度升高。
5、強大衍射、反射、折射效果。這些效果在熒光光譜儀、波長測定和物質結構分析中都得到使用。
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