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在食品安全檢測中,氣相色譜儀的技術是十分重要的檢測技術之一。由于大多數食品中對人體有害的物質成分十分復雜，且大多是易揮發的有機化合物,所以,氣相色譜技術在食品安全檢測中有著非常廣泛的應用前景。氣相色譜技術在食品安全檢測領域中的應用主要有以下幾個方面：利用氣相色譜技術檢測有蔬菜中農藥殘留;酒水中的有害組分及揮發性氣體;食品包裝中的有毒物質;以及油炸食品中的丙烯酰胺含量等等。
氣相色譜儀在食品安全中的具體應用：
1.多環芳烴(PAHs)是一類重要的環境和食品污染物，目前已知的2～7環PAHs就有數百種，其中很多種具有致突變性和致癌性。加工食品中以煙熏和燒烤食品中的PAHs污染較為嚴重，而煙熏食品風味*，為廣大消費者所青睞，分析檢測煙熏類食品中PAHs含量、了解煙熏類食品中PAHs的污染程度并制定相應的衛生標準有著重要的食品安全意義。采用GC/MS技術可迅速檢測與分析常見的20多種PAHs，其中在熏肉制品中利用GC/MS技術已檢出9種PAHs污染。
2.近年來，在蔬菜和水果中有機氯、有機磷農藥殘留和肉類、魚類產品中的獸藥殘留已被社會廣泛關注。目前，利用GC/ECD氣相色譜檢測有機氯農藥殘留，GC/NPD氣相色譜檢測有機磷和有機氮農藥殘留，GC/FPD氣相色譜檢測有機磷和有機硫農藥殘留等分析技術已經很成熟，例如，采用GC/MS技術可同時檢測出100多種農藥殘留成分。利用GC/ECD分析技術可對高麗人參中的有機氯農藥殘留進行分析檢測。
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