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雙系統離子色譜儀一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料，一般采用塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而高效液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產生腐蝕現象。而隨著高效液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用高效液相色譜也廣泛采用了材料作為泵體、流路和閥，使雙系統離子色譜儀和高效液相色譜具有了一定的通用性。
目前雙系統離子色譜儀應用較多的是往復柱塞泵，只有低壓離子色譜采用蠕動泵，但蠕動泵所能承受的壓力太小，實際操作過程中會出現問題。
由于往復柱塞泵的柱塞往復運動頻率較高，所以對密封環的耐磨性及單向閥的剛性和精度要求都很高。密封環一般采用聚四氟乙烯添加劑材料制造，單向閥的球、閥座及柱塞則用人造寶石材料。
一般來說，雙柱塞流量更平穩，脈動小，但構造復雜，價格也比較高。
雙系統離子色譜儀采用不銹鋼或鈦合金材料，與液相色譜相比，離子色譜的泵體則采用全塑系統，從而對酸、堿、鹽有抗污染的性能，并保證了對金屬離子測定的準確性。
1.單柱塞泵
單柱塞泵的壓力和流量波動大。采取一些必要的措施如增加阻尼器，對凸輪形狀作特別設計以及利用先進的電子技術也可獲得滿意的結果。早期的離子色譜和一些簡易型離子色譜儀常采用單柱塞泵系統。
2.雙柱塞泵
雙柱塞泵即兩個泵頭并聯使用，凸輪相差180°，使壓力和流量波動減少。因此這種雙柱塞泵可以不加阻尼器直接進入分離系統，可以進行低壓梯度淋洗。如今大多數離子色譜儀均已經采用雙柱塞泵。
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