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通常，一根色譜柱在分析數(shù)千個樣品之后性能仍然保持良好，但也有的柱僅分析不多的樣品后幾乎就報廢了。影響柱壽命和其它問題的因素多，而有些因素是操作者難控制的，如果被分析的樣品（如分析生物樣品），怎么凈化樣品也是“臟”的，好于色譜柱的影響是非常大的。然而采取下列措施后，在多數(shù)情況下總能夠人為地減少柱上故障，達到延長柱壽命的目的。
1．加流路過濾器和保護柱
流路過濾器緊靠進樣閥后面，位于分析柱前。0.5μm燒結(jié)不銹鋼片夾在死體積小的套子中，擋住來源于樣品和進樣閥墊圈的微粒入柱。因為每個樣品都過濾既費事又帶來誤差，樣品量少過濾更困難，因此流路上裝過濾器是比較省事的辦法。也可以在流路加上保護柱，放在流路過濾器和分析柱之間，或者代替流路過濾器。保護柱的使命是收集阻塞柱進口的來自樣品的化學“垃圾”。這程垃圾終隱藏低柱效能。保護柱應該是小體積，用分析柱的同種填料填裝。保護柱使用得當，對分離無影響，好像未裝保護柱一樣。有些廠商的商品將保護柱都是用短柱、不過3cm長，內(nèi)徑2～3mm，用較大粒度的填粒（15～20μm）干法填裝，會使分析柱的效能有所降低。
2．避免壓沖擊
一般色譜柱都能經(jīng)得起壓，但經(jīng)不起突然變化的壓沖擊。引起壓突然沖擊，主要是因樣品閥的緩慢轉(zhuǎn)動、泵起動快，柱切換操作等。等面已討論過，轉(zhuǎn)動六通進樣閥時從泵到柱的液流會瞬時切斷。在閥的泵側(cè)壓力升，在閥的柱側(cè)壓力降低（變化過20%）。閥轉(zhuǎn)到底后壓力突然沖擊一下恢復正常，手動進樣閥的變化不大，自動進樣閥比較慢，可能造成壓力沖擊，可用氦氣代替空氣驅(qū)動進樣閥。因氨壓縮系數(shù)小。另外泵起動不應過快，可分步操作。如用3ml/min流速，從1mL/min到2mL/min，然后再3ml/min，每個間隔應大于20s。
柱切換技術(shù)的應用也，切換過程中在色譜柱的入口處壓力在零到數(shù)字之間變化，會快使柱報廢。
3．分離條件
多數(shù)色譜柱有寬的試驗條件范圍，但具體應用又受到限制，主要是pH值、柱溫和流動相的選擇。
硅膠為基質(zhì)的鍵合相要求pH在2.5～7之間，pH的流動相能“溶解”硅膠，使鍵合相流失。結(jié)果非堿性組分峰變寬。如果一定要用或低pH的流動相，可加預柱（飽和柱）。預柱裝在泵和進樣閥之間，用分析柱相同的填料填裝，或者用普通硅膠。硅膠飽和了流動相。減少了分析柱填料的損失。預柱不要求柱效，用價格低的一般硅膠疏松地填裝，按期檢查硅膠的溶解情況。用預柱也有不利的影響。即流動相難以平衡，保留時間不穩(wěn)定或穩(wěn)定慢。使用了預柱一定要加流路過濾器，以防止硅膠微粒引起的麻煩。
以硅膠為基質(zhì)的柱和陰離子交換柱過60℃后，會增加對流動相中化學物質(zhì)的吸附。在溫下用小顆粒柱引起柱床塌陷，降低柱效，改變峰形。在4℃以上使用3μm柱，70℃以上使用5μm柱，會使N值降低50%。
有些流動相中的溶劑不能用于某些柱，如小顆粒的聚苯乙烯填料不能用于非水的排阻色譜。另一方面，有些柱與某些溶劑（如四氫呋喃）一旦達到平衡，不要隨意改用其它溶劑。有關(guān)這些填料，可以參見有關(guān)資料。
水溶性流動相會引起微生物生長而造成阻塞柱。色譜柱應存放在純有機溶劑或加了50%有機溶劑的水中。凝膠柱可存放在水溶性緩沖液中，同時加0.01%疊氮鈉以防止微生物的生長。
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