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在做色譜時，比較熱門的是氣相色譜儀和液相色譜儀，這兩者也是人們常用的，但是這兩者的差別卻非常的多，除了概念之外，這兩種還可以從分離原理、儀器構造、應用范圍這三個方面來區分。那么就來看看具體都有哪些差異吧。
分離原理
液相色譜儀主要用的是液相色譜，而高效液相色譜法是在經典色譜法的基礎上，引用了氣相色譜的理論，在技術上，流動相改為高壓輸送(極限高輸送壓力可達4.9′107Pa);色譜柱是以特殊的方法用小粒徑的填料填充而成，從而使柱效大大高于經典液相色譜(每米塔板數可達幾萬或幾十萬)；同時柱后連有高靈敏度的檢測器，可對流出物進行連續檢測。
氣相色譜儀主要用的是氣相色譜，氣相色譜(gaschromatography簡稱GC)是二十世紀五十年代出現的一項重大科學技術成就。這是一種新的分離、分析技術，它在工業、農業、國防、建設、科學研究中都得到了廣泛應用。氣相色譜可分為氣固色譜和氣液色譜。
儀器構造
液相色譜儀可分為“高壓輸液泵”、“色譜柱”、“進樣器”、“檢測器”、“餾分收集器”以及“數據獲取與處理系統”等部分。
氣相色譜儀則由氣路系統、進樣系統自動進樣器、柱系統柱加熱、檢測系統、控制系統以及數據處理系統組成。
應用范圍
液相色譜儀主要應用分為光學類檢測器和通用型檢測器，其中光學類檢測器包含了紫外吸收檢測器(UVD)和紫外吸收檢測器(UVD)，通用型檢測器包含了示差折光檢測器(RID)蒸發光散射檢測器(ELSD)和質譜檢測器(MSD)等實際運用的。
氣相色譜儀歸于氣相色譜法的應用，在石油化學工業中大部分的原料和產品都可采用氣相色譜法來分析；在電力部門中可用來檢查變壓器的潛伏性故障；在環境保護工作中可用來監測城市大氣和水的質量；在農業上可用來監測農作物中殘留的農藥；在商業部門可用來檢驗及鑒定食品質量的好壞；在醫學上可用來研究人體新陳代謝、生理機能；在臨床上用于鑒別藥物中毒或疾病類型等等。
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