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依據剖析目標，氣相色譜離子交換柱的種類，實際操作儀器設備的擋次和實際探測器，若應用合不來規定的低純凈度汽體，負面影響有下列幾類將會：
1）試品失幀或消退：如H2O氣使氯硅試品水解反應；
2）氣相色譜離子交換柱無效：H2O，CO2使碳分子篩柱喪失特異性，H2O氣使聚長鏈脂肪酸固定不動液溶解，O2使PEG斷線。
3）有時候一些汽體殘渣和固定不動液相互作用力而造成假峰；
4）對氣相色譜柱保存特點的危害：如：H2O對聚乙二醇等吸水性固定不動液的保存指數值會有所增加，載氣中氧含量過高時，不論是旋光性或者非極性固定不動液柱的保存特點，都是造成轉變，使用時間越長危害越大。
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