微生物實驗室是指進行微生物研究的場所。根據微生物實驗室的安全要求和使用要求，要不同于一般的實驗室工程或凈化工程。主要應用于微生物學、生物醫學、生物化學、動物實驗、基因重組以及生物制品等研究使用的實驗室統稱生物安全實驗室。
     微生物實驗室分為辦公區、實驗區。實驗區分為核心實驗區和實驗輔助區。辦公區和實驗區必須分開設計，并再實驗區的入口處設置門禁，非專業人員不得進去實驗區。核心實驗區分為潔凈實驗區、生物安全實驗室、污染物處理室。 
     一 微生物實驗室設計原則包括：
     l 潔凈區和污染區必須分開，經緯分明，確保滿足實驗室潔凈度的要求。
     2 流程簡捷、層次清晰，有明顯的指示標志及逃生通道及安全門。
     3 實驗室生物安全，能有效地切斷感染途徑，降低感染率。
     二、微生物實驗室的平面布局
     微生物實驗室應設置成獨立的區域，與其他實驗室分開，門口應設有門禁，非相關人員不可進入，各室根據工作內容合理布局，既方便工作又互不影響。
     1.準備室
     準備室用于配備培養基和樣品處理等。主要配置有實驗臺、專柜、冰箱、電爐和電源、上下水道、加熱器、蒸鍋，洗刷器皿、洗刷用劑等。
     2.普通實驗室
     普通實驗室用于微生物的觀察、計數和生理生化測定工作。普通實驗室的布局由建設方實際工作需求而定，一般配置以顯微鏡、實驗臺、試劑柜等。
     3.滅菌室
     滅菌室用于培養基和各種器具的滅菌。主要配置有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等。
     4.恒溫培養室
     ⑴ 培養室設計：培養室應有內、外兩間，內室是培養室，外室是緩沖室；內外室的室中央都要安裝紫外線燈，用以滅菌；安裝恒溫恒濕機，維持室內溫濕度需求；內外室的隔墻上方要設置帶空氣過濾裝置的通風口。
     ⑵ 培養室設備用具：內室配備培養架和搖瓶機（搖床）；外室配備工作服全套裝備、手持噴霧器、5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。
     5.無菌室
     菌種的接種移植、純化在微生物實驗中是一項重要操作，無菌室正是為保證菌種純種、防止雜菌的污染而設置的。
     ⑴無菌室應有內、外兩間，內間無菌室，外間緩沖室。內外間容積宜小不宜大，以便于空氣滅菌。
     ⑵ 應在內間入口處的上方設置通氣窗，有條件的也可安裝恒溫恒濕機。通氣窗為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。
     ⑶內外間的隔墻上可安裝傳遞窗，以減少人員進出、降低污染。