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平板上的菌落個數可用肉眼直接觀察進行計數，也可以借助儀器進行。菌落計數器是一種數字顯示式自動細菌檢驗儀器。由計數器、探筆、計數池等部分組成，計數器采用CMOS集成電路精心設計，LED數碼管顯示，字高13mm,清晰明亮，配合探筆，計數靈敏準確。黑色背景式計數池內，熒光燈照明，菌落對比清楚，便于觀察。菌落計數器分手動、半自動和全自動三種類型，可根據對精確度的要求，選擇不同的計數器。
使用方法：
(1)接通電源，平板去蓋，皿底朝下放入計數器后開始計數，從平板的頂部開始計數，用方格線標記防止重復計數，利用這種機械式手動計數器，計數每一個菌落，無論多小或不典型。
(2)將探筆插入儀器上的探筆插孔內。打開計數器，接通電源，計數池也內燈亮，并且顯示窗內顯示明亮，可以進行計數。把待檢的培養皿皿底朝上放入計數池內，并用探筆在培養皿底面對菌落進行計數，點到的菌落處被標上顏色，顯示窗內數字會自動累加。用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏后，顯示窗內的數字即為該培養皿內的菌落數。
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