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單細胞分選可以依據熒光信號的強度挑出特定生物學屬性的細胞，相比起其他單細胞分離技術(如有限稀釋法、激光捕獲顯微切割、顯微操作等)，其特定類型的單細胞獲取更具準確性。
另外，依賴于精確的液滴分析模式，采用32等份液滴分選模式，實現液滴的精確分析，可以準確判斷相應液滴中目標細胞的數量，因此可以準確完成單細胞的分離操作。
單細胞分選儀具有高速分析能力，可以快速識別特定細胞，尤其對于低含量細胞的分選尤為重要，分選速度快，可以在短時間內完成多孔板的操作。另外，流式細胞分選儀支持96孔和384孔板，對于后期分析的高通量需求具有重要意義。
細胞儀一般配置多個激光器或多個光電倍增管用于不同熒光信號的收集和檢測，因此可以支持樣本中多個參數的同時檢測，這一特點適合定義復雜標記的細胞類型，可用于免疫學、神經生物學、干細胞等研究。
單細胞分選使用微量吸液管對細胞進行分選，微量吸液管內孔徑范圍為50~80um，更小的微移液管可達亞微米級，用于大分子的操縱。在虛擬的培養皿中，熒光細胞被標記為綠色小球，通過微量吸液管對細胞進行提取，控制臺通過物鏡環固定在物鏡上方，玻璃微量吸液管被固定在控制臺中心光軸位置。
微量吸液管頂端通過LED 燈照射，照射光通過微量吸液管直接被引入到物鏡，微量吸液管可通過手動調節彈簧旋鈕上下移動到物鏡焦點位置，培養皿可以進行水平移動，微量吸液管上端通過撓性導管連接到注射泵上。
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