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單克隆培養對增殖力比較強的細胞操作起來的確比較適合，但增殖較慢的細胞也不是不可以，至于稀釋到每孔只有1~2細胞，細胞稀釋的密度要取決你每孔所加的培養液體積，一般說來保證每孔內平均細胞數為0.5個即可，稀釋并加入培養孔后，在顯微鏡下觀察，將只有一個細胞的孔標記出。
經過抗體測定的陽性孔，可以擴大培養，進行克隆，以得到單個細胞的后代分泌單克隆抗體，克隆的時間一般說來越早越好，因為在這個時期各種雜交瘤細胞同時旺盛生長，互相爭奪營養和空間，而產生抗體的細胞有被淹沒和淘汰的可能，但克隆時間也不宜太早，太早細胞性狀不穩定，數量少也易丟失。克隆化的陽性雜交瘤細胞，經過一段時期培養之后，也還會因為細胞突變或特定染色體的丟失，使部分細胞喪失產生抗體的能力，所以需要再次或多次克隆化培養。
單克隆培養原理：將細胞經熒光抗體染色后，經噴嘴形成單個細胞的線形液滴，熒光素發射熒光，此信號由光電倍增管接收，再結合細胞形態大小產生光散射信號，經電腦處理，產生信號并與預定的信號對比，根據細胞熒光強度及細胞大小不同，將細胞分成不同級別，在電場中發生偏離，而分別收集于不同容器中。
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