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初次使用冷凍干燥機時，必須對儀器各部件進行*的清潔，不銹鋼的部件使用乙醇進行清洗，有機玻璃使用生理鹽水進行清洗。安瓿瓶用超聲波清洗機進行清洗。
冷凍干燥之前必須要進行預凍，欲動需要準備低溫冰箱，零下40攝氏度，或者是零下80攝氏度的低溫冰箱，把準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，一般需要四個小時左右，可以直接從外面進行觀察到，物品*冰凍結實后，才可進行冷凍干燥的實驗，把物品迅速移動到冷凍干燥機托盤之內，以保證冷凍干燥效果。
主機與真空泵之間由綠色的真空管連接，連接處使用標準卡箍。這種卡箍為了有效防止空氣的泄漏，在卡箍內特被設計了一只密封橡膠圈。在防止漏氣的方法上.涂抹適量真空脂在橡膠圈上，再用卡箍卡緊，能使連接處更緊密的貼合在一起。如果沒有卡緊卡箍，就會造成空氣泄漏，導致在抽取真空的時候儀表盤顯示數顯值大于20pa，此時就應該檢查真空泵以及冷凍干燥機玻璃罩的氣密性。
真空泵運轉前必須檢查是否加入真空泵油，否則不能正常運行。油面不得低于油鏡的中線，真空泵剛開始時使用時有比較強烈的抖動，慢慢的會變的平穩。
如果氣密性不好，應該在冷阱上方的密封橡膠圈涂抹一些真空脂，將有機玻璃罩輕旋在橡膠圈上，在打開真空泵測試其氣密性。以確保氣封閉的完整。
冷凍干燥機的注意事項
1 制備樣品應盡可能擴大其表面積，其中不得含有酸堿物質和揮發性有機溶劑；
2 樣品必須*凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射；
3 注意冷阱約為零下65度，可以做低溫冰箱使用，但必須戴保溫手套操作防止凍傷；
4 啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封；
5 一般情況下，該機不得連續使用超過48小時；
6 冷凍干燥機樣品在冷凍過程中，溫度逐漸降低，可以將樣品取出回暖一段時間后(仍處于冰凍狀態)，繼續干燥，以縮短干燥時間。
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