真空是質譜儀器正常工作的基礎，真空系統的維護是儀器日常維護的重要任務，但常常被忽略。一旦發生故障，輕者儀器達不到狀態，尤其是靈敏度下降，重者儀器無法正常運行，所以定期維護是真空系統正常運行的重要保障。

前級真空系統常見故障有:電源未接通，吸附阱飽和，油太多或太少，漏油，前級管線太窄或堵塞，排氣不暢，前級真空規工作不正常。如果前級泵工作正常、*而抽氣效率低，前級壓力太高，則可能柱流量太大或漏氣。前級真空的維護包括定期觀察油面，定期更換泵油，定期更換泵吸附阱等。

高真空常見故障主要是真空室壓力高，達不到正常工作真空條件。原因多數是漏氣、系統污染，脫氣或載氣流量太大。高真空擴散泵工作不正常可能是由于:油少了或污染了;加熱器不正常，油溫度不夠不能充分氣化或前級工作不正常。分子泵工作不正常是由于電源故障或前級工作不正常。高真空的維護同樣需定期觀察擴散泵油面、更換泵油，分子泵需經常檢查泵的冷卻系統(冷卻水或風扇)。

此外，正確的開機、停機操作步驟，避免誤操作，也是保證良好真空的必要條件。盡量維持真空系統連續運行，減少頻繁停機可減少發生故障的頻率。需要較長時間停機一定要按維護規程處理。一般GC/MS儀器的操作規程雖有真空系統的啟動(pump) 和停機(vent) 步驟，以及真空檢漏等內容，但沒有各種真空泵的使用維護說明，這部分說明書由真空泵廠家提供，通常應和真空泵包裝在一起。