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微孔濾膜的主要功能是從氣相或者液相中截留微粒，細菌及其他雜質，以達到分離，凈化，提純的目的。因此選擇濾膜要考慮以下幾個因素：
1.濾膜的材質(化學兼容性)：選擇濾膜時，首先要考慮化學相容性。濾器是否耐酸、堿、有機溶劑等。具體參見濾膜化學相容性表。
2.濾膜的孔徑：根據需要過濾的分子或顆粒的大小來確定正確范圍的濾膜孔徑。
3.樣品的特性：
1)親水性樣品：選用親水膜片。對水有親和力，適合過濾水為基質的溶液。可用的濾膜有：混合纖維素膜，聚醚砜(PEsM),NylonM等。
2)強腐蝕性有機溶劑：一般采用疏水性膜。如PTFEM，聚丙烯(PPM)等材質的濾膜
3)蛋白溶液：選擇低蛋白吸附的濾膜，如PVDF濾膜。
4)離子色譜：通常認為PEs濾膜比較適合低無機離子的溶液的過濾。
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