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掃描電鏡主要由電子光學系統、信號探測處理和顯示系統、圖像記錄系統、樣品室、真空系統、冷卻循環水系統、電源供給系統七大系統組成而成。利用掃描電鏡分析樣品時，首先要排除外界的干擾去除假象，盡量減少這些不利因素的影響，使分析結果更準確。
制樣時產生的影響因素分析：
1.樣品制備
樣品的制備是能否得到重要信息的關鍵，若使用不正確的制樣程序，不僅會得不到清晰的圖像，而且有可能得到假象，即觀察到的圖像并不是真正的樣品內部狀態或主要成分，所以試樣制備方法的選擇對于熱加工、熱處理等工藝問題或后續加工過程存在的缺陷，具有重要意義。
對于常規試樣的尺寸要盡量小，電子束掃描的線度一般不會超過5mm，大試樣還會有較多氣體放出，影響真空，產生污染。樣品要求平整，樣品越平整，對分析結果的影響就越小。樣品的導電性也會影響掃描電鏡圖片質量和能譜分析結果，樣品表面充電，使電子束難以準確打到要分析的部位，造成偏離。因此，鑲嵌的樣品要做電鏡，需去除鑲嵌后分析。斷口樣品可直接分析，只要尺寸合適，不需要特別制備，但要保持斷口新鮮，不能有銹跡、油污等污染物。如不能及時分析，需要將斷口包好放于干燥器皿中存放，以備檢測。
2.試樣磨制影響
在掃描電鏡前有時會先對裂紋樣品進行高倍金相檢驗，由于經過磨樣，磨制過程中砂輪、砂紙顆粒及研磨輔料等會殘留在裂紋內，不易清除。如用超聲波清洗，超聲波的分散作用會把樣品上的污染物聚集到裂紋處，影響樣品分析，因此要區分開殘留物和夾雜物，正確的分析缺陷產生原因。對于存在裂紋的樣品，如果樣品的尺寸允許，制成斷口樣進行電鏡分析。
3.生產工藝影響
對掃描電鏡檢測，機械零部件在生產的每個環節都有不確定因素影響。首先要了解生產工藝過程，如拉拔過程的磷皂化膜、鐓鍛、機加工工序等使用的冷卻液，熱處理淬火冷卻介質等等，它們的成分會影響缺陷樣品的分析結果。
4.取樣標記影響
大多數取料時，為標識清楚會用白色或黑色油性記號筆做標記，標記如標識到缺陷面上，超聲波清洗很難*清洗干凈，如對記號筆的成分不了解，可能會使分析人員做出錯誤的判斷。這要求取樣者在取樣時注意保持樣品原狀，不破環樣品的觀察面，便于分析，現場用白色記號筆的成分以氧化硅和氧化鎂為主，黑色油性記號筆的成分主要以碳為主，并含有少量的鋅元素。當分析發現有此類元素時，要特別予以注意和區分。
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