污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，因而二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。
       例如，鑒于CO2培養箱在使用過程中有時會伴有霉菌生長，為確保培養箱免受污染且保證儀器箱體內的生物清潔性，開發設計了帶有紫外清潔功能的增強型CO2培養箱；*銅外殼HEPA濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97的0.3um以上的顆粒（上海潤度生物提供的培養箱可過濾除去99.97的0.2um以上的顆粒），并能有效殺死過濾時被擋在濾器內的微生物顆粒；此外，自動殺菌裝置能使箱內溫度達到90℃或更高溫度從而殺死污染微生物，當它與HEPA系統結合使用就能夠減少污染。這些裝置對于細胞培養來說是*，但選擇何種清潔裝置呢？當然功能越多越好，但是價格也會隨之上升。如果經費有限，只能選擇一個價格較便宜的，這時就應該配合使用一些消毒劑和除菌劑，經常進行消毒滅菌，也能達到貴儀器的效果，只是比較麻煩一點而已。
      總之，無論選擇何種裝置，都要時刻注意保持培養箱的清潔，經常清理箱體，這樣才能增加儀器的使用壽命，并使實驗順利進行，保證結果的可靠性。