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微孔板化學發光分析儀以磁性微粒子為載體，以堿性磷酸酶為標記物，采用夾心法或競爭結合法，以發光底物AMPPD為基礎進行免疫檢測。
微孔板化學發光分析儀的工作流程：
主探針吸取標本、試劑和磁性微粒并注入RV(反應)管中。稀釋混合后的RV管被傳送入孵育帶進行孵育，以加速抗原與抗體的結合，并終形成固相包被(即抗體-抗原-酶標抗體復合體)，接著RV管被送入清洗轉盤洗滌2～3次，此期間磁性微粒包被在電磁場的作用下被吸附在RV管一側以進行清洗，其未結合多余成分被吸出并排走。
清洗好后，由基質液泵和基質液閥吸入發光底物AMPPD，并分配到RV管中，再次孵育以加強信號，此期間磁性粒子表面的堿性磷酸酶在催化作用下產生處于激發態的間氧苯甲酸甲酯陰離子，當該陰離子回到基態時會產生470nm的光，并被光電管檢測而終產生結果。
微孔板化學發光分析儀的故障分析
1、試劑倉溫度下降過慢或者沒有降溫
故障原因：可能是電子制冷模塊和散熱片間的導熱硅脂失靈使模塊產生的熱量無法通過散熱片散去;也可能是散熱風扇損壞。
故障處理：拆卸電子制冷模塊，重新為散熱片涂上導熱硅脂;更換模塊散熱風扇;若以上措施仍無法降溫，則考慮更換電子制冷模塊。
2、溫育槽推桿無法正常工作
故障原因：可能是清洗針時溢出的液體流到了溫育槽推桿感應器上，清洗液中的晶體附著在感應器上，導致感應器反應不靈，使推桿無法正常工作。
故障處理：使微孔板化學發光分析儀處于關機狀態，然后打開微孔板化學發光分析儀面板，找到感應器，用新棉簽輕輕拭除感應器上的結晶，故障排除。
3、清洗區的傳送器無法正常傳送反應杯
故障原因：可能是由于傳送器齒輪松動。
故障處理：使微孔板化學發光分析儀處于關機狀態，然后打開微孔板化學發光分析儀面板，調節固定傳送器的第二和第三個齒輪的松緊度，故障排除。
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