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原子力顯微鏡探針與樣品表面原子之間存在多種作用力，其中包括范德瓦耳斯力、排斥力、靜電力、形變力、磁力、化學作用力等。原子力顯微鏡使用時，會消除出來范德瓦耳斯力以及排斥力之外作用力的影響;再加上，除了以上兩種力之外，其他力本身也相對較小。
因此，原子力顯微鏡探測到的原子力主要由范德瓦爾斯力以及排斥力組成。其中范德瓦耳斯力為吸引力，排斥力的本質為原子電子云之間的相互作用，其本質為一種量子效應。
怎樣使用原子力顯微鏡，才能較好地保護探針?
探針價格較為昂貴，操作可能損壞探針的時候應該緩慢、小心。在將樣品靠近探針的過程中，先順時針旋轉粗調旋鈕，在樣品距離探針約為1mm的地方改用細調旋鈕。調整細調旋鈕的時候，觀察控制機箱上的讀數。
在這個過程中，始終注意觀察，以免使得樣品過于靠近探針，壓壞探針。在測量過程中，注意掃描頻率不要太快，以免損傷探針。原子力顯微鏡使用完后，必須先逆時針旋轉細調旋鈕，再逆時針旋轉粗調旋鈕，以取出樣品，以避免對于探針的損傷。
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