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蛋白層析純化系統采用高度靈活配置的模塊化設計，具有許多優點來進行快速、靈活、穩定的純化。
硬件的所有閥門、檢測器和層析柱均面向操作者安裝，方便清楚、直觀地了解各個模塊之間的關系和樣品以及緩沖液的流路。
將樣品環上樣改進為直接上樣，入口可實現系統和層析柱的自動清洗。從一個純化任務轉向另一個純化任務僅僅需要幾分鐘，在保持準確性和確保重復性的同時，大大地節省制備時間。
蛋白層析純化系統緩沖液的更換方法：
雖然更換緩沖液不能提高蛋白純度，但它卻在蛋白純化方案中起著極其重要的作用。不同的蛋白純化方法需要不同pH及不同離子強度的緩沖液。
假如你用硫酸銨將蛋白沉淀出來，毫無疑問蛋白是處在高鹽環境中，需要想辦法脫鹽，可用的方法有利用半透膜透析，通過勤換透析液體去除鹽分，此法尚可，但需幾個小時，通常要過夜，也難以用予大規模純化中。
新型的設備將透析膜夾在兩個板中間，板的一側加緩沖液，另一側加需脫鹽的蛋白溶液，并在蛋白溶液一側通過泵加壓，可以使兩側溶液在數小時內達到平衡，若增加對蛋白溶液的壓力，還可迫使水分和鹽更多通過透析膜進入透析液達到對蛋白濃縮的目的。
也有出售的脫鹽柱，柱內的填料是小孔徑的顆粒，蛋白分子不能進入孔內，先于高濃度鹽離子從柱中流出，從而使二者分離。
蛋白層析純化系統的每一步都會造成目的蛋白的丟失，緩沖液平衡的步驟尤甚。蛋白會結合在任何它能接觸的表面上，剪切力、起泡沫和離子強度的快速變化很容易讓蛋白失活。
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