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生物顯微鏡是一種用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等也可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學儀器。生物顯微鏡用來供醫療衛生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。
生物顯微鏡的使用說明：
1、安裝
在使用生物顯微鏡時，首先要根據使用要求，選用適當的放大倍數。生物顯微鏡的總放大倍數為：物鏡放大倍數乘上目鏡放大倍數。
將生物顯微鏡各放大倍率的物鏡按順序裝在轉換器上，在物鏡安裝前一定要將物鏡的螺紋相接觸端面以及轉換器的螺孔進行清潔處理，不允許有任何灰塵存在，否則，會造成安裝不良而影響光學系統和成像質量。接著將目鏡插入目鏡筒中，等待觀察使用。
將所要觀察的標本切片放置在工作臺面上并用壓片夾把標本切片壓齊，如有移動尺的生物顯微鏡可用襖腳將標本切片卡平穩，否則當移動尺作縱向或橫向移動時，觀察的像質不穩定，當然這也可能是由于移動尺本身質量不好所致。如有像質不穩定時，則可作適量的微調即能彌補這個缺陷。
2、照明
在使用生物顯微鏡觀察標本切片時，需要有一定的照明，其照明的光源有自然光源和人工光源兩種，不管用哪種光源，為使在觀察時能得到清晰的物象，其亮度必須適中。要得到適中的亮度，可以從幾個方面進行調節：一方面可以選用平面的或凹面的反光鏡，同時又可以轉動反光鏡的位置而得到不同的亮度。
當光線比較暗時，可選用凹面反光鏡以使光線進行會聚而提高亮度。當光線比較強時，則選用平面反光鏡，這時反光鏡使光線轉向作用降低亮度。注意切勿將太陽光直射反光鏡，以免使人感覺目眩，從而影響觀察。如有聚光鏡的生物顯微鏡則可將聚光鏡作上下移動使其亮度適中，另外也可以改變可變光闌的孔徑以達到適中的亮度。如果光線太暗時，則可將聚光鏡適當上升，使可變光闌的孔徑適當放大。如果光線太強時，則可將聚光鏡適當下降，使可變光闌的孔徑適當減小。
3、凋焦
在觀察標本切片時，必然要進行調焦。通常先進行粗調，然后進行微調。在粗調時應根據不同倍率物鏡的工作距離作粗略調焦，接著用眼觀察目鏡作粗調，直至能看到標本的輪廓后再進行微調，使物像達到Z清晰為止。有時粗動手輪由于長期使用而感到過松時，則可用手緊握一只細動手輪，而另一只手轉動，另只粗動手輪，以作適當的調節即可。有時在粗微調的某一段有松緊不合適時，則可適當地變換粗微調的位置。
生物顯微鏡使用高倍物鏡時，一般來說，由于高倍物鏡留的工作距離比較短，應在調焦時應由上至下，這樣可避免由于調焦不小心使物境碰撞切片，損壞鏡頭。盡管高倍物鏡設計有彈簧鏡頭(就是物鏡前面在接觸切片后有彈簧伸縮的)，不至于物鏡與切片相碰，但調焦時還是要謹慎小心為好。
4、觀察
在觀察標本時，一般都先用10倍物鏡進行觀察，這樣便于尋找觀察物。在找到所要的觀察物后，即將它移至生物顯微鏡視場中央，然后再轉換高倍物鏡進行觀察這時要適當地放大可變光闌的孔徑，以增加亮度，同時通過微調以獲得清晰的物像。
生物顯微鏡轉換物鏡時，要用手抓住轉換器的轉動板進行轉換，切忌用手扳動物鏡進行轉動，以免使物鏡因受力而破壞與轉換器之問的連接，從而影響生物顯微鏡的成像質量。有時轉換器的定位有一定的間隙誤差，這會使低倍物鏡轉換到高倍物鏡后，產生一定的偏差，這時只要將轉動板往復扳動幾次即可消除。如果發現定位彈片彈性不好時，則可拆下彈片整整形，使其能緊壓在轉動板的定位槽上，裝好即可。
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