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超聲波細胞破碎儀原理就是將電能通過換能器轉換為聲能，這種能量通過液體介質而變成一個個密集的小氣泡，這些小氣泡迅速炸裂，產生的像小炮彈一樣的能量，從而起到破碎細胞等物質的作用。
超聲波細胞破碎儀屬于精密儀器，在使用時一定要注意一下幾點事項：
1、切記空載(一定要將超聲變幅桿插入樣品后才能開機,)
2、變幅桿(超聲探頭)入水深度：1.5Cm左右，液面高度應該有30mm以上，探頭要居中，不要貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，影響破碎效率。
3、超聲參數設置：設置鍵好儀器工作參數(具體設置見說明書)，對于對溫度要求比較敏感的樣品(比如細菌)一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。
1)時間：超聲時間每次不要超過5秒，間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長超聲機子以及探頭的壽命。
2)超聲功率：不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋；10-200ml樣品容量的功率在200-400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；(2MM的小探頭功率嚴禁超過350W)
3)容器選擇：有多少的樣品就選多大的燒杯，這樣也是有利樣品在超聲中對流，提高破碎效率。例如；20ML的處理量應該用20ML的燒杯。
如100ml大腸桿菌樣品設置參數：超聲5秒/間隙5秒次數70次(總時間為10分鐘)。功率300W(僅供參考)500ML左右的量，功率開到500W-800W左右
4、若樣品放在1.5ml的EP管里請一定要將EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降導致空載
5、日常保養：用完后用酒精擦洗探頭或用清水進行超聲！
實驗人員要注意儀器的維護以及保養，在操作過程中細心觀察，出現影響實驗結果的因素，記錄并檢查，以防止下次遇到同樣的事情。
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