瓊脂糖是線性的多聚物,基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈。瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解,溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠,這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高,凝膠性能越好。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致,凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。
瓊脂糖具有親水性,并幾乎*不存在帶電基團,對敏感的生物大分子極少引起變性:和吸附,是理想的惰性載體。在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除,否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團,就會造成電內滲(EEO),電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低,通常在0.2%以下,電內滲比較小,通常在0.13以下。
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