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蛋白Marker試劑是一些純化好的蛋白混合物，通過與染料共價耦聯，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染蛋白分子量的出現方便了實驗，可以幫助我們在電泳時、電泳后以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率。
在實驗中未染色的蛋白分子量標準是簡單，也是準確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是準確判斷蛋白大小必須的。未預染的蛋白Marker可分為寬分子量蛋白標準、高分子量蛋白標準以及低分子量蛋白標準。
1、寬分子量蛋白標準
如果從實驗的整體考慮的，就選擇范圍盡量寬條帶分布比較均勻的，這樣容易判斷你的蛋白在哪個區間。不過蛋白marker條帶越多，每次上樣量也就越費。如果買的是大包裝，建議分裝成小體積使用，多次反復凍融不利于蛋白Marker試劑的保存和繼續使用。
2、高分子量蛋白標準
通常在檢測大分子量蛋白經常使用到高分子量蛋白標準。
3、低分子量蛋白標準
在一般的蛋白電泳當中，更常用的是低蛋白標準分子量，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時還可以用作粗略的定量。特別小的蛋白Marker試劑如果要顯色好，一定要保證足夠的上樣量。
由于蛋白Marker是與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合準確定位蛋白。不過多數情況下蛋白Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白*一樣，得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，蛋白Marker試劑還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
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