關于多粘菌素E甲磺酸鈉的合成方法已屬公知技術，就是由1分子的多黏菌素E和5分子的甲醛形成西佛氏堿后再同5分子亞硫酸氫鈉通過共價鍵結合而成，具體合成反應為：以硫酸多黏菌素E為原料，用水溶解后，先加甲醛溶液，然后再加亞硫酸氫鈉溶液進行反應，即可。可以看出，在多黏菌素E甲磺酸鈉的制備過程中可能引入的雜質有：未反應*的硫酸多黏菌素E原料，及由該原料引入的硫酸根和過量的反應物甲醛和亞硫酸氫鈉。因此，要想得到純度較高的目的產物，必須去除這些雜質，這樣才能得到高活性的多黏菌素E甲磺酸鈉。CN200810020478.5提供一種將多黏菌素E甲磺酸鈉從含有小分子量雜質的混合物中分離純化的方法，所述的分離純化方法包括通過超濾膜分離技術進行分離純化，使用的超濾膜的截流分子量一般在1000～10000之間，優選截流分子量在2000～6000之間的超濾膜。其中超濾膜可以是有機材料膜，如有機纖維素膜、聚砜膜等，也可以是各種無機材料膜，如陶瓷膜、黏土膜和金屬膜等，優選使用有機材料膜，更優選有機纖維素膜或聚砜膜。

　　具體舉例如下：

　　稱取80g(約0.057mol)硫酸多黏菌素E，加水溶解并定容至400ml，然后加甲醛溶液49.6ml(約0.661mol)，攪拌并用10mol/LNaOH溶液調節pH至7，維持反應30min后，向其中加入224ml(約0.862mol)40％的亞硫酸氫鈉溶液，然后再用NaOH溶液調節pH至7，并在攪拌下反應10h后停止反應。取此反應液，用截流分子量為3000的超濾膜(為美國MILLIPORE公司的產品，為醋酸纖維素膜)超濾至約130ml，然后加水至約675ml，再超濾濃縮至130ml，如此反復5次，得超濾截留液約135ml。在整個反應和超濾期間控制溫度在20～25℃。取超濾截留液，用低溫冷凍干燥法，進行產品的干燥，得到多黏菌素E甲磺酸鈉產品64.8g，收率為81％。產品為白色無定形粉末，經檢查產品中不含有硫酸根和游離的多黏菌素E，甲醛殘留量為0.0028％，效價達到440μg/mg。