溶菌酶是一種堿性球蛋白,分子中堿性氨基酸、酰胺殘基和芳香族氨,酸的比例較高,酶的活動中心是天冬氨酸和谷氨酸。

溶菌酶作用于微生物細胞壁的水解酶,稱包胞壁質酶或N-乙酰胞壁質聚糖水解酶,它專一地作用于肽多糖分子中N-乙酰胞壁酸與N-乙酰氨基葡萄糖之間的β-1,4鍵,從而破壞細菌的細胞壁,使之松馳而失去對細胞的保護作用,終使細菌溶解死亡。

可直接破壞革蘭氏陽性菌的細胞壁,而達到殺菌的作用,這主要是因為革蘭氏陽性細菌的細胞壁主要是由胞壁質和磷酸質組成,其中胞壁質是由雜多糖和多肽組成的糖蛋白,這種多糖正是由N-乙酰胞壁酸與N-乙酰氨基葡萄糖之間的β-1,4鍵聯結的。

對某些革蘭氏陰性菌,如埃希氏大腸桿菌,傷寒沙門氏菌,也會受到溶菌酶的破壞.溶菌酶是母乳中能保護嬰兒免遭病毒感染的一種有效成分,它能通過消化道而保持其活性狀態,溶菌酶還可以使嬰兒腸道中大腸桿菌減少,促進雙歧桿菌的增加,還可以促進蛋白質的消化吸收。