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使用超純水機時有一定的規則，用戶需要按照這些規則進行操作。首先，使用設備時不要立刻進入工作狀態，需要先預熱，等待十分鐘后，再進行操作。
一、運行
當設備運行到一段時間之后，會出現設備發熱的情況，這種情況屬于正常的，但當設備運行一段時間后，需要讓設備暫時休息一會。
再次，使用超純水機的工作時間每天維持在八小時，十小時也是可以的，不過運行時間每天8小時為佳。然后，在使用一段時間后，用戶要對設備進行清洗，使受到污染的設備恢復原有的性能。而在恢復設備性能的同時，還要盡量保證清洗的安全，不傷害到超純水機。
二、定期清洗
對于超純水機的日常運行中，超純水機需要定期反洗，反洗時進行壓縮空氣氣體摩擦，反洗合格后靜置10分鐘左右再正洗。正洗出水合格后方可投入使用，不要將空氣帶入反滲透，此外，還要定期檢查、及時更換精密過濾器濾，防止濾芯因安裝或質量問題發生泄露所引起的反滲透膜的顆粒污染。
一般情況下是每月檢查一次，2～3個月更換一次濾芯。運行時還應經常檢查精密過濾器內是否有氣體，不能讓空氣帶入反滲透膜。對備用或長期停運的精密過濾器，要采取保護的方法防止細菌大量繁殖。
三、長期停用超純水機時
設備長期停機，用戶在離崗情況下采用的方案步驟：將超純水機里的水排空;采用廠商指導藥劑配方浸泡反滲透膜(有在線清洗系統的設備可在線將保護液注入反滲透膜中，無此功能的純水設備需要將反滲透膜拆下，在適當容器中浸泡);設備間要保持透風的狀態。
另外，當與初始投用狀態相比，標準化的反滲透裝置產水量下降10%，或在特定條件下產水含鹽量明顯上升，或壓差增加了15%時，應對反滲透膜進行及時清洗。