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抗原是指能刺激機體產生特異性免疫應答，并與免疫應答產物抗體和致敏淋巴細胞結合，發生免疫效應的物質。抗原具有免疫原性和和抗原性兩個特性。抗原可來自外界及自身，機體免疫細胞識別的抗原通常是蛋白質，也可識別多糖和核酸等。
蛋白抗原是一種能刺激免疫系統產生抗體的蛋白質，在免疫系統識別出它后就會做出反應。抗原是由多種化合物組成，而蛋白質抗原很常見。研究人員已經識別出多種蛋白質抗原，并且廣泛應用于研究，診斷和醫學治療領域。
外源性蛋白抗原是人體外由另一種有機物產生的蛋白質。典型的實例是攝入病毒生產的蛋白質。在免疫系統看到這種蛋白質后，就會將其視為外來入侵者，并刺激生產抗體攻擊這種抗原。這也是人體預防疾病的自然機制。
內生性蛋白抗原是在人體內產生，它們常見于細胞死亡。人體細胞自己能產生這些抗原并告知免疫系統分解細胞并循環利用它的成分。這種類型的蛋白抗原也可以被免疫系統用于摧毀感染細胞。
另一種蛋白抗原是自身抗原。自身抗原是一種可以在人體發現的物質，并且正常情況下被人體視為無害。自身抗原涉及自身免疫疾病，身體會因為自身免疫系統出錯而攻擊自己。在這種情況下，人體部分的蛋白質會被免疫系統判斷為有害，并試圖清除它們，這就有可能損傷身體。
種痘是為了控制抗原(通常是蛋白抗原)生產，確保身體形成抗體避免疾病風險。抗原可以用于實驗，如果醫生懷疑病人體內存在特定病毒，可以通過化驗分析血樣看出抗原綁定的是什么。因此，分析抗原對診斷疾病很有作用。
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