多功能酶標儀的分類方法眾多，但簡單的莫過于用他們的濾光方式來作分界線。一般來說，可以分為濾光片型和光柵型兩大類。當然也有一些型號，例如Synergy4和EnVision等，一臺機器里面同時裝上了濾光片和光柵。但是濾片和光柵并不能同時完成同一個檢測，還是想用光柵的時候用光柵，該用濾片的時候用濾片;還有一些實驗非用其中一個不可，另一模塊實現不了的。所以這類儀器本質上還只是把濾片和光柵放在了一起，并沒有使兩者糅合而產生新的技術突破。

總體來說，濾片技術由于發展已久，配合二向色鏡(其實也就是另一模式的濾光反光濾鏡)等光路系統，可以實現大部分實驗的需要。目前常規多功能酶標儀中檢測靈敏度就是用濾光片型做出來的，例如TECAN Infinite F500的熒光檢測的靈敏度可以達到0.04 fmol/孔(熒光素，384孔/80ul)。

但是濾光片型儀器由于受限于濾片的波長和數量限制，不可能滿足日益增加的實驗類型的檢測需要，而且有時需要對物質的吸收、激發和發射光譜進行研究，所以后來就誕生了光柵型的儀器。

先推出光柵的是MD公司，其光柵習慣上稱為單光柵。由于光純度的不足，在光柵的后面又加入了一組帶阻濾片，再把雜光過濾一遍，達到了5×10-4的雜光率，基本與純粹的濾光片系統一致。后來TECAN又發展出了雙光柵技術，通過兩次光柵濾光，雜光率降到了10-6。后來，Thermo、BioTek和PE的部分新款儀器等都使用了類似雙光柵技術。由于激發和發射各用了一組雙光柵，此類機器又被稱為四光柵型多功能酶標儀。

光柵型酶標儀的推陳出新，使得用戶在波長選擇上不再受限，而且在雜光率、帶寬控制等性能上還超越了濾光片系統。例如，TECAN公司在2008年底推出使用了第三代四光柵系統的M1000酶標儀，雜光率降到了2×10-7的新低，還實現了帶寬2.5～20nm連續可調。這些都是目前濾光片型酶標儀所不能或者較難實現的。