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頂空瓶以玻璃材質為主， 極少是塑料材質。一次性使用的頂空瓶成本高、浪費大、對環境污染嚴重，大多實驗室都是將頂空瓶清洗后重復利用。目前，實驗室常用清洗頂空瓶的方法主要都是加入洗衣粉、洗滌劑、有機溶劑及酸堿洗液，然后用定制的小試管刷洗。
在分析樣品時，頂空瓶的清洗非常重要。按玻璃儀器洗滌方法根據污染程度選擇清洗方法。
方案一：
1、倒干瓶內試液 2、 全部浸入95%酒精，超聲洗2 次后倒干，因為酒精易進入1.5mL 的小瓶，且能與大多數有機溶劑互溶以達到清洗效果。 3、倒入清水，超聲洗2 次。 4、倒干瓶內洗液，于110 攝氏度烘1~2 小時，不能于高溫下烘烤。 5、冷卻，保存。
方案二：
1、自來水沖洗幾遍 2、放入倒有純水的燒杯中，超聲15 分鐘 3、換水，再超聲15 分鐘 4、泡在倒有無水乙醇的燒杯中 5、后取出自然風干。
方案三：
1、先用甲醇(色譜純)浸泡，并超聲清洗20 分鐘，后將甲醇倒干. 2、再將進樣瓶內注滿水，超聲清洗20 分鐘，后將水倒干. 3、后將進樣瓶烘干
方案四：
一般都是先用清水沖洗烘干后 再用硫酸重鉻酸鉀洗液浸泡 (第二種)、進樣瓶的洗法和做液相等其他是一樣的，首先使用醫用酒精侵泡4 個小時以上，然后超 聲半個小時，然后倒出醫用酒精，使用水超聲半個小時，用水沖洗后烘干就可以了
方案五：
1、 如果費用充足,每次用新的 2、 如果要重復使用,清洗的方法也很重要,首先用強氧化清洗液(重鉻酸鉀)浸泡24 小時,然后用去離 子水在超聲波條件下清洗三次,后用甲醇清洗一次,烘干即可使用, 3 、瓶墊一定要換成新的,特別是分析農藥殘留時,一定要換,否則會影響定量結果. 但如果條件允許的話，還是盡量使用一次性消耗品，比如使用那種一次性的聚四氟乙烯的內插管或者
國產的那種塑料內插管(0.1 元/只左右)，樣品瓶就可以反復使用且不需要清洗。
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