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當前種子發芽試驗中，人們應用種子發芽箱的頻率是越來越高，一方面是因為種子發芽箱的應用，可以大大縮短種子的出芽時間，能夠縮短種子發芽試驗的周期，而另外一個重要原因就是種子發芽箱的應用，可以提高幼苗免疫能力，使種子出芽后抗病力強，因此這樣的種子用于農業生產，可以大大提高農業種植的效益。
人們對于種子發芽箱能夠縮短種子的出芽時間這一點是沒有太多的疑問的，這是因為種子發芽箱可以避免外界環境的干擾和地區的限制，能夠在不同地區不同季節使用不同的種子恒溫快速發芽，而同時也正是由于種子發芽箱能夠創造恒溫的環境，才使種子的蛋白酶等化學物質迅速分解反應，避免了溫差出芽造成的能量丟失，因此這樣的種子出芽后抗病力自然要比自然發芽的種子強了。
種子發芽箱不僅可以用于種子發芽試驗中，用于種子育苗同樣*，因為利用種子發芽箱育苗，可以減少種子發芽過程中的能量隨時，因此經過該器械出的幼芽，不僅芽苗質量好，而且成活率高，大大提高了種子的利用率。
而正是基于種子發芽箱給種子發芽帶來的這些重要價值，越來越多的種子公司或種子研究機構開始采用種子發芽箱，一方面縮短了種子發芽的時間，為企業節省了時間成本，而另外一方面，利用種子發芽箱育出的種子抗病力高，芽苗質量好，成活率高，能夠為農業生產提供更加優質的種子品種，因此種子發芽箱非常值得在當前的種子研究和生產中推廣使用。
而隨著種子發芽箱應用數量的增多，為了讓它能夠持續發揮作用，工作人員在使用的時候有些注意事項是一定要注意的，比如種子發芽箱應該放在干爽通風處；四周無雜物及化學品堆放；插座容量大于10安培，并應有可靠接地線；如箱內有積水情況，必須先切斷電源，然后用毛巾擦干等。
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