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溶解多肽是非常復雜的事情，一般很難一下子確定合適的溶劑。通常是先取一點試驗，在沒有確定合適的溶劑前千萬不要全部溶解。
下列方法有助于您選擇合適的溶劑：
(1)判定多肽的電荷特定，設定酸性氨基酸Asp(D),Glu(E)和C端COOH為-1;堿性氨基酸Lys(K),Arg(R),His(H)及N端NH2為+1,其它氨基酸的電荷為0。計算出將電荷數。
(2)如果凈電荷數 >0，多肽為堿性，用水溶解：如果不溶解或溶解性不大，加入醋酸(10%以上);如果多肽還不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。
(3)如果凈電荷數<0，多肽為酸性，用水溶解;如果不溶解或溶解性不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。
(4)如果凈電荷數=0，多肽為中性，一般需要用有機溶劑如乙腈，甲醇或異丙醇，DMSO等溶解。還有人建議需要尿素來溶解疏水性很大的多肽。
多肽合成需要考慮多肽的長度，電荷，親疏水性等因素。長度越長，合成粗品的純度和產率都隨著降低，純化的難度和無法合成的幾率就會大些。
當然多肽功能區的序列是無法改變的，但是為了多肽的順利合成，有時不得不在功能取的上下游增加一些輔助氨基酸，以改善多肽的溶解性和親疏水性。
如果多肽太短，合成也可能有問題，主要問題是合成的多肽在后處理過程中有一定的難度，5肽以下的多肽，一般要有疏水的氨基酸，否則后處理難度加大。15個氨基酸殘基以下的多肽一般都可以得到滿意的產率和得率。
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