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細胞內的流式細胞術方式于異質性的細胞群的轉錄因子和相關蛋白的檢測。同時分析多個標記允許沿著一個特定的分化途徑的細胞的關鍵時間點，標記，和頻率的確定。轉錄因子是DNA和其他蛋白質結合，調節基因表達的蛋白質。他們發揮關鍵作用，在細胞發育和分化。例子包括FOXP3 Treg細胞分化為明確的內胚層和Sox17。
FOXP3被認為是調節性T細胞的主控調節。許多轉錄因子一樣，FoxP3的數以千計的基因結合，從而在向上或向下調節的基因表達所必需的調節性T細胞功能。1 SATB1基因組組織者，FoxP3的壓抑，防止T-效應的細胞因子的誘導，包括IL-4和IFN-γ。
同樣，細胞內細胞因子染色，轉錄因子檢測用流式細胞儀需要細胞的固定和通透。通常位于細胞核DNA和其他蛋白質結合的轉錄因子。根據對目標分子的抗原決定簇，不同的固定和通透緩沖的性質可能是必要的。
的固定和透化細胞可侵入細胞表面標志物的染色，這使得相容的緩沖液的選擇更關鍵。為了進一步便于轉錄因子檢測，屋宇署已開發了BD Pharmingen公司轉錄因子的緩沖集。該緩沖系統是強大到足以允許訪問大多數細胞內抗原，同時保持大部分的細胞表面標志物的可檢測性。
Tregs的人體細胞內流式細胞儀檢測。人類調節性T細胞的細胞內流式細胞儀檢測人外周血單核細胞表面標記，使用下面的熒光抗體染色：CD4 + CD25 FITC，艷紫421，CD127的Alexa Fluor?647。洗滌后，將細胞固定，透BD Pharmingen公司的轉錄因子的緩沖液設置。然后將細胞在細胞內染色與FoxP3的PE-CF594，洗滌，并配備了一臺PE-CF594可選的過濾器的反射鏡單元上BD FACSVerse的流式細胞儀獲得的。封閉式的調節性T細胞（藍色）有CD4 + CD25 高 CD127 暗淡 FOXP3 +表型。
干細胞分化的研究便利套件作為多能性干細胞分化成不同的細胞類型，表達的轉錄因子和其他蛋白的變化。在哺乳動物的胚胎發育，明確的內胚層產生的肝臟，胰腺和小腸。3-5在為最終的內胚層，水平的轉錄因子SOX17和FOXA2的細胞表面標志物CD184（CXCR4）增加，而多能性的標記，如Nanog和Sox2的減少。
多色流式細胞儀是一個*的方法，用于確定標記感興趣的細胞表達的相對數。這是有用的，為研究細胞分化途徑分化協議和不同的細胞的分化潛能的優化，量化，和比較，專門為..
為了方便轉錄因子在干細胞研究，屋宇署已開發了幾個關鍵的干細胞特異性轉錄因子，包括BD莖流?人類多能干細胞轉錄因子分析試劑盒（貨號：560589），BD莖流檢測試劑盒?鼠標多能干細胞轉錄因子分析試劑盒（貨號：560585），BD莖流?人類神經細胞譜系分析試劑盒（貨號：561526），以及BD莖流?人類明確和胰腺內胚層分析試劑盒（目錄第562496號）。這些套件包含優化的抗體和緩沖體系來表征多能性干細胞，并允許跟蹤的多能性干細胞的分化成各自的譜系。
Tregs的人體細胞內流式細胞儀檢測。明確的內胚層分化的H9人類胚胎干細胞H9的人類胚胎干細胞（hESCs）（WiCell，麥迪遜，威斯康星州）三天在德愛慕等6分化的細胞進行了分析流式細胞儀使用組件的BD莖流人類最終的協議明確的內胚層分化和胰腺內胚層分析試劑盒和CD184 PE。隨著細胞分化的多能性標志物Nanog的水平降低，并增加了明確的內胚層標志物水平的SOX17（綠色）和CD184。流式細胞術的BD?LSR II流式細胞儀系統。
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