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掃描電鏡(SEM)是介于透射電鏡和光學顯微鏡之間的一種微觀形貌觀察手段，可直接利用樣品表面材料的物質性能進行微觀成像。掃描電鏡的結構包括電子光學系統、圖像顯示和記錄系統、真空系統、X射線能譜分析系統。其基本原理是用極細的電子束在樣品表面上掃描，然后按電視原理放大成像，顯示在電視屏幕上。
掃描電鏡樣品的處理過程：
主要包括表面清潔、固定、漂洗和脫水等過程，基本上與透射電鏡樣品的處理方法相似,但也有其特殊之處。
1. 樣品大小 所切取樣品比透射電鏡樣品稍大一些，為8～10mm2，高約5mm。
2. 清潔表面 清潔表面并充分暴露樣品表面。常用清洗液有蒸餾水、生理鹽水、緩沖液及含酶的清洗液等。
3. 固定和脫水 常用的固定方法是戊二醛-四氧化餓雙重固定，也可用戊二醛單固定法。
常用脫水劑是乙醇或丙酮。脫水劑濃度梯度增加，從30%或50%開始至100%進行脫水；易變形樣品脫水劑濃度梯度宜緩慢遞增。
4. 樣品的干燥 脫水后，需要將樣品中的脫水劑*揮發干凈，即樣品干燥。其方法有：空氣干燥 、真空干燥、冷凍干燥和臨界點干燥。
5. 樣品表面導電處理 用金屬鍍膜法和組織導電處理技術，一是可增強導電能力，消除荷電效應；二是增加樣品表面二次電子發射率，加強訊號，提高圖像反差。
（1）金屬鍍膜：使樣品表面覆蓋薄層金屬膜，這層薄膜與樣品表面的凹凸形態*一致，使標本表面的形貌得以反映。常用的金屬有金、鉑、鉬、或金/鉑、鉑/銫合金。鍍膜的方法有真空鍍膜法和離子濺射法。
（2）組織導電技術：其目的是為提高導電率克服生物材料的荷電效應，提高樣品表面二次電子發射率。組織導電處理也稱導電染色，是利用某些金屬鹽類能與生物材料中的蛋白質、脂類和淀粉等結合，使樣品表面離子化，使組織導電性增加；并且提高二次電子的發射率?？捎么姿徕?、碘化鉀、丹寧酸等處理標本。
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