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掃描電子顯微鏡基本要點是用極狹窄的電子束來掃描樣品，即電子束在樣品上作光柵運動。電子束與樣品相互作用將會產生樣品的二次電子發射，二次電子能產生樣品表面放大的形貌像，這個像是在樣品被掃描時按時序地建立起來的，即用逐點成像的方法獲得放大的像。
掃描電子顯微鏡對樣品的要求：
1、不會被電子束分解
2、在電子束掃描下熱穩定性要好
3、能提供導電和導熱通道
4、大小與厚度要適于樣品臺的安裝
5、觀察面應該清潔，無污染物
6、進行微區成分分析的表面應平整
7、磁性試樣要預先去磁，以免觀察時電子束受到磁場的影響
顯微鏡影像品質的影響因素有：
A. 電子槍的種類:使用場發射、LaB6或鎢絲的電子槍。
B. 電磁透鏡的完善度。
C. 電磁透鏡的型式: In-lens ,semi in-lens, off-lens
D. 樣品室的潔凈度: 避免粉塵、水氣、油氣等污染。
E. 操作條件: 加速電壓、工作電流、儀器調整、樣品處理、真空度。
F. 環境因素: 振動、磁場、噪音、接地。
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