糖酵解產生的磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)和戊糖磷酸途徑產生的D-赤蘚糖-4-磷酸作用形成中間產物3-脫氧-D-阿拉伯庚酮糖酸-7-磷酸,進一步環化成重要中間產物莽草酸。莽草酸再與PEP作用,形成3-烯醇丙酮酸莽草酸-5-磷酸,脫去Pi,形成分支酸。分支酸是莽草酸途徑的重要樞紐物質,它以后的去向分為兩個分支:一個分支走向色氨酸,另一個分支是先形成預苯酸,經過arogenicacid,然后再分支:一是形成苯丙氨酸,另一是形成酪氨酸。廣譜除草劑草甘磷之所以能除草,就是因為它能抑制催化莽草酸與PEP合成3-烯醇丙酮酸莽草酸-5-磷酸的酶。本途徑存在于高等植物、真菌和細菌中,而動物則無,所以動物不能合成苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸這3種芳香族氨基酸,必須從食物中補充。
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