標準菌株，來自國內或國際菌種保藏中心保藏的，遺傳學特性得到確認和保證并可追溯的菌株。亦稱模式菌株 。在給某細菌定名，分類作記載和發表時，為了使定名準確和作為分類概念的準則，以純粹活菌(可繁殖)狀態所保存的菌種。在標準菌種中，對于從作過原始記載的作者實際分離或應用的菌株，通過營養繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標準菌株。此外，當原作者使用復數菌株，以后的研究者選擇其中之一作為*適當的菌株時，稱該菌種為選定標準菌株。當原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。

質控菌株本質上是標準菌株的商業衍生產品，其應有可靠的溯源證明追溯至其使用的標準菌株來源，在微生物實驗室僅可作為工作菌株進行使用，質控菌株可以用來做陽性對照，用于質量控制，不具備代表性。

標準/質控菌株主要來源

美國菌種保藏中心

American Type Culture Collection Center,ATCC

中國普通微生物菌株保藏中心

China General Microbiological Culture Collection Center,CGMCC

工業微生物菌種保藏管理中心

China Center for Industrial Culture Collection ,CICC

中國醫學微生物菌種保藏中心

China Center for Medical Culture Collection ,CMCC