磷脂酰膽堿的結構式：

磷酸甘油酯甘油分子的中央碳原子是不對稱的。天然的磷酸甘油酯都具有相同的立體化學構型,屬于L系。磷酸甘油酯中：如X為膽堿，則應命名為：1，2-二酰基-sn-甘油-3-磷酰膽堿，亦稱L-3-磷脂膽堿,俗名卵磷脂。圖上構型中R1，R2代表脂肪酸鏈,X為連接在磷酸上的小分子化合物；名稱中sn為立體化學專一編號。

磷脂酰膽堿脫脂分離：

在磷脂各種組分中，PC在醇中的溶解度比PE及PI高，據此可分離出PC。進一步通過氧化鋁等處理可得到高含量的磷脂酰膽堿。通常使用的分離溶劑是C1~C4的低級醇類，如甲醇、乙醇、異丙醇、丙二醇等。用90%的乙醇對PC/PE=1.2的天然磷脂進行萃取，可以得到PC/PE=8的高PC產品。為了得到更高濃度，還可以用吸附劑分餾法或色譜分離法。用丙二醇提取，加入檸檬酸可制得食用固體磷脂。用異丙醇分離效果好，但溶劑用量大。